Родился в 1922 г. После окончания десятилетки в 1940 г. старший сын Анастаса Микояна Степан поступил в Качинскую краснознаменную военную авиационную школу им. А.Ф. Мясникова находившуюся в Крыму. Зачислен он был в особую группу, которая состояла из детей достаточно высокопоставленных родителей. Однако обучение происходило на общих основаниях. В течение года курсантов готовили к полетам на самолетах У-2, УТ-2, И-16. В июле 1941 г. школа эвакуировалась под Саратов в городок Красный Кут, а в августе Степан Микоян, как и другие курсанты особой группы, сдал выпускной экзамен и получил звание лейтенанта. В течение короткого времени Степан переучился летать на более современном Як-1 и в декабре 1941 г. был направлен в 11й истребительный авиаполк 6го истребительного авиакорпуса ПВО, дислоцировавшийся на Центральном аэродроме в Москве. Летчики полка вылетали на прикрытие конного рейда Л. М. Доватора по тылам противника. 16 января 1942 г. Степан Микоян в паре выполнял полет по патрулированию, в котором был по ошибке подбит советским летчиком. Это был его 13й боевой вылет. На горящей машине летчику удалось приземлиться и выбраться из самолета. Тяжело раненного пилота подобрали местные жители и доставили в госпиталь в районе Истры. На следующий день его перевезли в Кремлевскую больницу. У Степана были сильные ожоги лица, рук, левой ноги и повреждение коленного сустава на правой ноге. Восстановление было тяжелым и продолжительным. С сентября 1942 г. Степан Микоян воевал на Сталинградском фронте в составе 434го истребительного авиаполка Резерва Главного Командования. Во время боевых вылетов он всегда был там, где требовалось не допустить воздушного противника.