Работая в Улан-Удэ на паровозостроительном заводе, где он имел и мог бы иметь «бронь», он, как патриот, в марте 1942 года добровольно ушёл на фронт. В составе 85 отдельной роты химзащиты 321 стрелковой дивизии в августе был переброшен под Сталинград. Боевое крещение принял в сражении за станицу Секретово в районе железнодорожной станции Чир. Командованием была поставлена задача: выбить немцев из станицы. Щекин и его второй номер Григорьев из своего ручного пулемёта уничтожили две пулемётных точки и шесть человек расчёта. Василий Сергеевич проявил себя как отличный боец и был награждён медалью «За отвагу». А дальше – трудные фронтовые дороги. За участие во взятии Познании, пленение командира батальона СС и 15 фашистов он был награждён орденом Славы III степени. При штурме Берлина Василий Сергеевич много уничтожил фашистов, но и сам не уберегся. В районе Силезского вокзала от разрыва фаустпатрона он был контужен. За бой в Берлине награждён орденом Славы II степени. Василий Сергеевич был награждён медалями «За оборону Сталинграда», «За взятие Берлина», «За Победу над Германией» и орденом Отечественной войны II степени, юбилейными медалями, в том числе «За трудовое отличие».