Екатерина Ивановна Шейнова родилась в семье служащих.
В 1940 г. она окончила педиатрический факультет Горьковского медицинского института им. С.М. Кирова, получив диплом с отличием. Вместо аспирантуры она поехала в с. Бриляково Городецкого района Горьковской области, где начала работать заведующей сельским врачебным участком.
В первые дни Великой Отечественной войны Екатерина Шейнова призвана в действующую армию, получив назначение в полевой хирургический госпиталь. Воевала на Западном, 1-м Белорусском фронтах сначала в 130-м хирургическом госпитале, а с декабря 1941 г. – в 132-й Стрелковой дивизии 13-й Армии в 223-м медико-санитарном батальоне в должности командира операционно-перевязочного взвода.
Осенью 1944 г. в местечке Черная Струга на подступах к Варшаве ее тяжело ранило прямо за операционным столом, когда она оперировала раненного бойца. Год и восемь месяцев лечила свои раны в разных эвакогоспиталях: в Польше, Киеве, Москве, Горьком. Перенесла четыре тяжелых операций.
Награждена орденами Отечественной войны I и II степени, Красной Звезды, медалями.
После войны окончила аспирантуру на кафедре социальной гигиены и организации здравоохранения ГМИ им. С.М. Кирова. Защитила кандидатскую диссертацию (1951). Зав. курсом истории медицины при кафедре социальной гигиены и организации здравоохранения ГМИ им. С.М. Кирова (1963-1988). Начиная с 1970-х гг., под ее руководством стала проводиться работа со студентами младших курсов по сбору и изучению сведений о судьбах погибших студентов и сотрудников медицинского института. Было установлено 64 имени погибших, открыта их портретная галерея.